Em dezembro de 2008, foi aprovado o novo Regimento Interno do Conselho da Justiça Federal (Resolução CJF nº 42, de 19 de dezembro de 2008), em atenção às mudanças previstas na Lei nº 11.798, de 29 de outubro de 2008. Uma das inovações do novo regimento foi a previsão da competência do Plenário para definir e fixar, com a participação dos órgãos que integram a Justiça Federal, e podendo ser ouvidas as associações nacionais de classe das carreiras jurídicas e de servidores, o planejamento estratégico, os planos de metas e os programas de avaliação institucional do próprio Conselho e da Justiça Federal de 1º e 2º graus. Outra mudança substancial foi a instituição do prazo máximo de 3 sessões para que os processos distribuídos aos relatores fossem apresentados em Plenário.