Com a nova conformação dada pelo Constituinte de 88 à Justiça Federal, a Lei nº 7.746, de 30 de março de 1989, disciplinou o funcionamento do Conselho da Justiça Federal, determinando, entre outras medidas, o exercício da Presidência pelo Presidente do Superior Tribunal de Justiça, e da Corregedoria-Geral pelo Ministro mais antigo, dentre os membros efetivos. Além disso, foi criado o quadro de pessoal da Secretaria do Conselho, aproveitando-se os servidores do extinto Tribunal Federal de Recursos e da Justiça Federal de primeiro grau, bem como os servidores de outros órgãos em exercício no Conselho.