A Constituição Federal de 1988 expandiu e descentralizou a Justiça Federal, dividindo-a em cinco regiões jurisdicionais, com seus respectivos Tribunais Regionais Federais (TRFs), que passaram a concentrar grande parte das competências antes atribuídas ao Tribunal Federal de Recursos (TFR), extinto para dar lugar ao Superior Tribunal de Justiça (STJ), com configuração e competência novas. A partir de 88, o controle direto das atividades administrativas da Justiça Federal foi transferido aos TRFs, e o Conselho da Justiça Federal passou a exercer a supervisão administrativa e orçamentária mediante controle indireto. As atividades administrativas da Justiça Federal passaram a ser organizadas em forma de sistema, tendo o Conselho como órgão central, os tribunais regionais como órgãos setoriais, e as seções judiciárias como órgãos seccionais.