A Secretaria de Auditoria Interna do Conselho da Justiça Federal (SAI/CJF) é o órgão central do Sistema de Auditoria Interna da Justiça Federal - SIAUD-JF, conforme estabelecido nos artigos 70, 74 e 105, parágrafo único, inciso II da Constituição Federal, na Lei 11.798/2008 e na Resolução CJF n. 676,  de 23 de novembro de 2020, o qual visa organizar o processo de Auditoria Interna no âmbito do Conselho e da Justiça Federal de 1º e 2º graus, uniformizando procedimentos de auditoria, definindo diretrizes e estabelecendo parâmetros para a atividade de Auditoria Interna, como um dos pilares do sistema de controle interno constitucional. Compete à Secretaria de Auditoria Interna do CJF avaliar a governança, a gestão de riscos, os controles internos administrativos, o cumprimento dos planos institucionais e a gestão orçamentária, financeira, contábil, operacional, patrimonial e de pessoal, no âmbito do Conselho e da Justiça Federal de primeiro e segundo graus, quanto aos princípios legais e constitucionais que regem a Administração Pública, além da coordenação dos procedimentos do Sistema de Controle Interno da Justiça Federal. No exercício de sua missão institucional, cabe à Secretaria de Auditoria Interna apoiar o órgão de controle externo, bem como, quando determinado, atuar em conjunto com a Corregedoria-Geral da Justiça Federal.