A Secretaria de Planejamento, Orçamento e Finanças coordena as atividades de planejamento, orçamento e finanças no âmbito do CJF e da Justiça Federal de primeiro e segundo graus, com vistas à elaboração dos orçamentos anuais e plurianuais, de créditos adicionais e das alterações no detalhamento da despesa, bem como acompanha e avalia a programação financeira do Conselho e da Justiça Federal. A unidade estabelece diretrizes básicas com o intuito de padronizar e racionalizar os procedimentos orçamentários, financeiros e operacionais, além de proceder a ações junto ao Congresso Nacional, Ministério da Fazenda, Ministério do Planejamento, Desenvolvimento e Gestão e ao Conselho Nacional de Justiça, entre outros órgãos, em assuntos orçamentários de interesse do CJF e da Justiça Federal de primeiro e segundo graus.